Man unterscheidet drei freikirchliche Grundtypen:

• die "grundsätzlichen" Freikirchen. Darunter versteht man solche Freikirchen, für die sowohl die Trennung von Kirche und Staat als auch die freiwillige Mitgliedschaft zu den Grundsätzen ihrer Ekklesiologie gehören. Zu diesem Typ gehören zu dem Beispiel die Baptisten und die Mennoniten.
• Kirchen, die sich aufgrund eines "Bekenntnisnotstandes" von einer bestehenden Staatskirche getrennt und sich - der Not gehorchend - als Freikirche organisiert haben. Zu dieser Gruppe gehört zu dem Beispiel die Selbständig evangelisch-lutherische Kirche, die sich von der Evangelischen Kirche Preußens trennte als dieser staatlicherseits ein uniertes Bekenntnis verordnet wurde.
• Freikirchen, die sich aus innerkirchlichen Erneuerungsbewegungen (Pietismus, Gemeinschaftsbewegung, Methodismus) gebildet haben. Hierher gehören unter anderen die Herrnhuter Brüdergemeine, die Evangelische Gesellschaft , die Stadtmission und die Heilsarmee.

Freikirchen sind zu verschiedenen Zeiten aus verschiedenen Gründen entstanden.

Die Waldenser entstanden in dem 12. Jahrhundert aus einer Laienbewegung in Frankreich und Norditalien.

Die historischen Wurzeln der Mennoniten liegen in dem teilweise radikalen Täufertum des 16. Jahrhunderts, welches durch sein Ausbrechen aus den etablierten Kirchen heftige Reaktionen und Verfolgungen auslöste. So weisen die Baptisten nicht ca. die Kindertaufe, sondern auch die enge Verbindung von Kirche und Staat als unbiblisch zurück. Julius Köbners "Manifest des freien Urchristentums" (http://www.baptisten.org/efg/Dortmund/Mitte/koebner.htm) von 1848 gilt als einer der deutlichsten Belege in diesem Zusammenhang.

Im England und Schottland kam es in dem 17. Jahrhundert zu betont calvinistisch-reformierten Abspaltungen von der anglikanischen Kirche (Puritaner) aus denen sich Presbyterianer, Kongregationalisten und Baptisten entwickelten. 1843 spaltete sich die Free Church of Scotland von der ebenfalls calvinistisch-reformierten Church of Scotland ab. Ebenfalls in England bildeten sich unter George Fox die Quäker.

Im deutschen Sprachraum sind missionarische Gemeindegründungen aus dem Pietismus hervorgegangen, so die Herrnhuter Brüdergemeine unter Nikolaus Graf von Zinzendorf.

Im 18. Jahrhundert wurde in England von John Wesley der Methodismus in England als weit reichende Reformbewegung innerhalb der anglikanischen Kirche gegründet, die zuerst in den Vereinigte Staaten Amerika und in dem 19. Jahrhundert auch in England eine selbständige Kirche wurde.

Quasi als eine Spätfolge der revolutionären angelsächsischen Freikirchen-Bewegung zu Anfang des 19. Jahrhunderts und der damit einhergehenden Zersplitterung in mehrere baptistische Gruppen entstanden zuerst in Großbritannien und später auch in Deutschland die ersten so genannten Brüdergemeinden.

In dem Bestreben, soziales Handeln und missionarische Dienste als Ausdruck christlicher Überzeugung zusammen zu bringen, wurde schließlich die Heilsarmee gegründet.

Im 19. Jahrhundert entstanden die Altlutheraner und Altreformierten als konservative Abspaltungen der Staatskirchen. Sie verstehen sich jedoch nicht als Freikirchen in dem eigentlichen Sinne und arbeiten darum auch nicht in der freikirchlichen Vereinigung mit.

Viele von Einwanderern gegründete Länder wie die Vereinigte Staaten Amerika oder Kanada kennen keine Staatskirchen, dort haben alle Kirchen (einschließlich der Katholiken) den Status einer Freikirche, ebenso viele afrikanische Länder. Auch in den traditionellen katholischen lateinamerikanischen Ländern sind die Freikirchen heute stark in dem Wachstum begriffen.

Viele Freikirchen, die in dem deutschen Sprachraum zahlenmäßig nicht von Bedeutung sind (Methodisten, Baptisten, Pfingstgemeinden) arbeiten Seite an Seite zusammen und haben global mehr Mitglieder als zu dem Beispiel die Lutheraner.

Die Freikirchen arbeiten zusammen auf der Ebene der Vereinigung evangelischer Freikirchen (VEF). Sie gehören zu den Mitgründern der Evangelischen Allianz, einem Zusammenschluss evangelikaler Christen aus Landes- und Freikirchen (siehe Deutsche Evangelische Allianz).

(in alphabetischer Reihenfolge)

• Altkatholische Kirche
• Altlutheraner
• Altreformierte
• Brüdergemeine
• Brüdergemeinde
• Bund Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden Baptisten EFG
• Bund Freier evangelischer Gemeinden FeG
• Bund Freikirchlicher Pfingstgemeinden BFP
• Christliche Gemeinde
• Christliche Versammlung
• Christliche Versammlung ohne Benennung
• Evangelisch-methodistische Kirche EMK
• Freier Brüderkreis
• Freikirchlicher Bund der Gemeinde Gottes
• Gemeinden Christi
• Gemeinde Gottes
• Gemeinschaft der Siebenten-Tags-Adventisten STA
• Heilsarmee
• Herrnhuter Brüdergemeine
• ICF Movement
• Kirche des Nazareners
• Mennoniten
• Mühlheimer Verband Freikirchlicher Evangelischer Gemeinden
• Reformierte Episkopalkirche
• Religiöse Gesellschaft der Freunde

Viele Freikirchen haben sich der Vereinigung Evangelischer Freikirchen als Voll- bzw. Gastmitglieder angeschlossen. Daneben gibt es zahlreiche freie unabhängige Gemeinden, die keinem Bund angehören.

Ein Kritikpunkt an den Amtskirchen ( evangelischer und katholischer) ist deren Finanzierung über die vom Staat eingezogene Kirchensteuer. Freikirchliche Gemeinden fordern eine strikte Trennung von Kirche und Staat und lehnen den Einzug von Kirchensteuern durch staatliche Organe ab. Sie finanzieren sich aus Beiträgen und Spenden und erwarten in der Regel von ihren Mitgliedern den so genannten "Biblischen Zehnten" (10 Prozent ihres persönlichen Einkommens). Sofern die Gemeinden nicht durch ehrenamtliche Laienpastoren betreut werden, werden die Pastoren von der Gemeinde oder der Kirche finanziert.